Il File System di default per questo tipo di interscambio è da tempo il FAT32, leggibile da tutte e tre le classi di sistemi operativi, almeno per versioni successive all'anno 2000. Purtroppo il FAT32 ha delle piccole differenze di implementazione che possono provocare delle difficoltà e comportare delle insidie nascoste che, Murphy insegna, appaiono sempre nel momento meno oportuno. Ultimamente sta prendendo piede l'abitudine di utilizzare ext2, il filesystem standard su Linux, che può agevolmente essere letto da Mac Os X con l'ottimo <a href="http://sourceforge.net/projects/ext2fsx" target="_blank">ext2fsx</a> e da Windows con <a href="http://www.it.fht-esslingen.de/~zimmerma/software/ltools.html" target="_blank">LTools</a> Sebbene ext3 stia sostituendo ext2 quale standard per Linux, si continua ad utilizzare ext2 perché su supporti di interscambio il journaling (caratteristica peculiare di ext3 nonché unica differenza tra i due filesystem) su una partizione di interscambio non ha una importanza così rilevante.